Το τοπωνύμιο Ζαγόρι προέρχεται από τη σλαβική πρόθεση Za που σημαίνει «πίσω» και την αιτιατική του ουσιαστικού gora που σημαίνει «βουνό», δηλαδή περιοχή πίσω από το βουνό. Είναι μετάφραση του αρχαίου ονόματος της περιοχής, «Παροραία», που σημαίνει «παρά το όρος», από σλαβικά φύλα που κατήλθαν στην περιοχή τον 6ο αιώνα.
Τα Ζαγοροχώρια αποτελούν μια ξεχωριστή οικιστική, ιστορική και πολιτιστική ενότητα 46 χωριών, βόρεια από το λεκανοπέδιο των Ιωαννίνων, στο βορειοδυτικό άκρο της Πίνδου. Τα φυσικά όρια τους καθορίζονται νότια από το βουνό Μιτσικέλι, βόρεια από το ποταμό Αώο, ανατολικά από τα βουνά του Λύγκου και δυτικά από τον ορεινό όγκο της Τύμφης.
Η πρώτη μαρτυρία ανθρώπινης παρουσίας στην περιοχή χρονολογείται πριν 17.000 ως 10.000 χρόνια. Σημαντικά παλαιολιθικά τεχνουργήματα έχουν ανασκαφεί στο Σπήλαιο Κλειδί στις όχθες του Βοϊδομάτη. Στην αρχαιότητα η περιοχή του Ζαγορίου κατοικείτο από τους Τυμφαίους και αποτέλεσε τμήμα του αρχαίου ελληνικού βασιλείου των Μολοσσών, το οποίο στην ύστερη κλασική εποχή επικράτησε σε όλη την Ήπειρο. Φημίζονταν για την εκτροφή πολεμικών σκύλων, που χρησιμοποιούσαν στις στρατιωτικές επιχειρήσεις. Ο Μολοσσός, ο επώνυμος γενάρχης τους, λεγόταν ότι είχε γεννηθεί από την ένωση του Νεοπτόλεμου (γιού του Αχιλλέα) και της Ανδρομάχης (γυναίκας του Έκτορα της Τροίας). Ο Νεοπτόλεμος, ονομαζόμενος επίσης Πύρρος από τα ξανθά μαλλιά του, ήταν ο πρώτος μιας σειράς Ηπειρωτών βασιλιάδων που κατέληξε στον Πύρρο των Ελληνιστικών χρόνων, που επιχείρησε αρκετές εκστρατείες κατά των Ρωμαίων στην Ιταλία. Από τον 9ο ως τον 4ο αιώνα π.Χ. υπήρχε ένας μικρός οικισμός Μολοσσών μεταξύ Μονοδενδρίου και Βίτσας, με πέτρινα σπίτια και δύο νεκροταφεία, που έχουν αποφέρει σημαντικά ευρήματα.
Το πέρασμα των Σλάβων κατά την πρώιμη Βυζαντινή περίοδο πιστοποιείται από πολλά τοπωνύμια και την ίδια άλλωστε την ονομασία της περιοχής. Υπό τη Βυζαντινή αυτοκρατορία το Ζαγόρι προσείλκυε κατά καιρούς ομάδες στρατιωτών, που έχτιζαν χωριά και εγκαθίσταντο εκεί. Χρηματοδοτήθηκε η ίδρυση πολλών μοναστηριών, όπως η Μονή Βουτσάς κοντά στο χωριό Γρεβενίτι και η Μονή της Μεταμόρφωσης Κλειδωνιά, που ιδρύθηκαν τον 7ο αιώνα από το Βυζαντινό Αυτοκράτορα Κωνσταντίνο Δ΄ τον Πωγωνάτο, και η Μονή Αγίου Ιωάννη Ρογκοβού, κοντά στο χωριό Τσεπέλοβο, που ιδρύθηκε το 1208 από την αδελφή του Αυτοκράτορα Ρωμανού Γ΄ Αργυρού.
Aπό το 1204 ως το 1337 η περιοχή αποτέλεσε τμήμα του τοπικού Δεσποτάτου της Ηπείρου. Ως αποτέλεσμα των εκστρατειών του Ανδρόνικου Γ΄ Παλαιολόγου το 1337 το Δεσποτάτο της Ηπείρου, και επομένως το Ζαγόρι μαζί με τα Ιωάννινα και τη γύρω περιοχή, πέρασε πάλι για λίγο στον έλεγχο του Βυζαντίου.
Η περιοχή περιήλθε στην εξουσία των Σέρβων το 1348 και το Δεσποτάτο της Ηπείρου ανασυγκροτήθηκε υπό Λατινική κυριαρχία και τον Κάρολο Β΄ Τόκκο. Τα Ιωάννινα και το Ζαγόρι υποτάχθηκαν στους Οθωμανούς το 1430, την εποχή του Σουλτάνου Μουράτ Β΄.
Το 1431, μετά τη συνθήκη με το Σινάν Πασά, δημιουργήθηκε το Κοινόν των Ζαγορισίων. Στην πραγματικότητα, από το 1430 που οι Τούρκοι κατέκτησαν την Ήπειρο, με την συνθήκη του Βοϊνίκου, εγκαθιδρύθηκε ένα ειδικό καθεστώς μεταξύ του «Κοινού του Ζαγορίου» και των Οθωμανικών αρχών, και αποδίδονταν κάποιος φόρος ως αντάλλαγμα για την μερική αυτονομία της περιοχής. Η είσοδος τουρκικών στρατευμάτων γίνονταν μόνο σε εξαιρετικές περιπτώσεις. Τα 14 χωριά του Ζαγορίου η ύπαρξη των οποίων χρονολογείται από το 912 μ.Χ., (τα υπόλοιπα ιδρύθηκαν αργότερα), από τον 16ο αιώνα γνώρισαν σταδιακά εμπορική και οικονομική άνθιση, καθώς η γη και τα περιουσιακά τους στοιχεία δεν κατασχέθηκαν ποτέ από τις τουρκικές αρχές. Αυτή η κατάσταση ευνοούσε και τους Τούρκους, εφόσον το Ζαγόρι δεν ήταν εστία επαναστάσεων και αναταραχών. Οι Ζαγορίσιοι είχαν αναθέσει τις υποθέσεις τους σε ένα Συμβούλιο Γερόντων (Δημογεροντία), με επικεφαλής ένα πρόεδρο ή κυβερνήτη (Βεκύλης). Είχαν το δικαίωμα να διατηρούν μια ένοπλη δύναμη ασφαλείας (σπαχήδες). Τα χωριά του Ανατολικού Ζαγορίου, κατοικούμενα από Αρμάνους Βλάχους προσχώρησαν στη Συνθήκη το 1480. Κατά συνέπεια πολλά τοπωνύμια στο βόρειο και ανατολικό Ζαγόρι έχουν Βλάχικη ετυμολογία, ενώ μερικά τοπωνύμια με Σλαβική ετυμολογία απαντώνται στο δυτικό και νότιο Ζαγόρι. Το Κοινόν των Ζαγορισίων αναδιοργανώθηκε με συνθήκη του 1670, σύμφωνα με την οποία το Ζαγόρι απολάμβανε σημαντικά προνόμια, ονομαζόμενα Σουρούτια, που καταργήθηκαν πλήρως από το Σουλτάνο μόνο το 1868.
Το Ζαγόρι ποτέ δεν διαμελίστηκε για να μοιρασθεί σε Τούρκους γαιοκτήμονες. Απέκτησε μεγάλο πληθυσμό εμπόρων με δεσμούς με τη Ρουμανία, τη Ρωσία και την Κωνσταντινούπολη, που κατέληξε να γίνει η κυρίαρχη τάξη στην περιοχή και συνέβαλε στη σχετική ευημερία που απολάμβανε το Ζαγόρι στην περίοδο της Τουρκοκρατίας.
To 17o αιώνα συμπεριελήφθησαν στο Κοινόν των Ζαγορισίων και τα χωριά του Δυτικού Ζαγορίου, έτσι ώστε από το 1678 ο συνολικός αριθμός χωριών στο Ζαγόρι είχε αυξηθεί σε 60. Κατά το 18ο αιώνα το βιοτικό επίπεδο του πληθυσμού ανέβηκε κατακόρυφα, με την ίδρυση σχολείων και βιβλιοθηκών σε κάθε χωριό. Η ευημερία της περιοχής και η πνευματική άνθηση του τόπου συνεχίστηκε με την ίδρυση σχολείων τόσο αρρένων όσο και θηλέων, κατασκευάστηκαν μύλοι για να αλέθουν καλαμπόκι, περίτεχνα κατασκευασμένες βρύσες (κρήνες) και πετρόκτιστα γεφύρια που είναι διάσπαρτα στην περιοχή. Η παραδοσιακή ιατρική άνθησε με τη μορφή των "γιατρών το Βίκου", που συγκέντρωναν βότανα για τα σκευάσματά τους από το Φαράγγι του Βίκου. Η αυξανόμενη ευημερία βοηθούμενη από προνόμια, που είχαν αποκτήσει Φαναριώτες καταγόμενοι από το Ζαγόρι, και δωρεές από ομογενείς, επέτρεψαν την ανέγερση αρκετών σχολείων, που μερικά επιβιώνουν ακόμη, όπως η Κοινή Σχολή Ελληνικών Μαθημάτων στο Μονοδένδρι από τους αδελφούς Μάνθο και Γεώργιο Ριζάρη (1835). Οι αδελφοί ίδρυσαν επίσης τη Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή στην Αθήνα (1844), ενόσω το ίδιο το Ζαγόρι ήταν ακόμη υπό Οθωμανική κυριαρχία. Οι αδελφοί Ιωάννης και Δημήτριος Αναγνωστόπουλος από το Δίλοφο ίδρυσαν την Αναγνωστοπούλειο στη γενέτειρά τους και συνέβαλαν στις δαπάνες για τη Ζωσιμαία Σχολή στα Ιωάννινα. Ο Μιχαήλ Αναγνωστόπουλος από το Πάπιγκο έχτισε εκεί την Καλλίνειο Σχολή και στην Κόνιτσα την Αναγνωστοπούλειο Σχολή. Ως συνέπεια των πολλών αυτών σχολείων η Ελληνική γλώσσα διατηρήθηκε στην περιοχή.
Καθώς τα βουνά ήταν εκτός του άμεσου ελέγχου της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, προσέφεραν καταφύγιο στους Έλληνες που διώκονταν από τις οθωμανικές αρχές. Αρκετοί εξέχοντες λόγιοι του Ελληνικού Διαφωτισμού, όπως ο Νεόφυτος Δούκας και ο Αθανάσιος Ψαλίδας βρήκαν εδώ καταφύγιο, όταν ο στρατός του Σουλτάνου κατέστρεψε τα Ιωάννινα το 1820. Το 1820, μετά την εξέγερση του Αλή Πασά, μια Τουρκική δύναμη 1500 ανδρών υπό τον Ισμαηλ Πασά έφτασε στο Ζαγόρι, τμήμα του συνολικού στρατού 20.000, που είχε σταλεί κατά του Αλή Πασά. Ο Αλέξης Νούτσος από το Καπέσοβο, μέλος της Φιλικής Εταιρείας ήταν επικεφαλής της δύναμης που αντιστάθηκε στον Αλή Πασά, αλλά οι δυνάμεις του Σουλτάνου επικράτησαν. Ο Ισμαηλ Πασάς αφαίρεσε όλα σχεδόν τα προνόμια εκτός από το δικαίωμα να διορίζουν τοπικό διοικητή, του οποίου όμως οι εξουσίες ήταν μόνο κατ' όνομα. Ο Ισμαήλ Πασάς επέβαλε πολύ βαρειά φορολογία, ανερχόμενη σε 250 ασημένια νομίσματα κατά κεφαλή και πρόσθετη φορολογία σε είδος. Αλβανοί και ντόπιοι ληστές άρχισαν πάλι ληστρικές επιδρομές. Το Ζαγόρι απελευθερώθηκε το 1913 κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων.
Μετά την ένωση με την Ελλάδα, μετά τους Βαλκανικούς Πολέμους, η μετανάστευση προς τα Ελληνικά αστικά κέντρα αποψίλωσε το Ζαγόρι. Η περιοχή έφερε το κύριο βάρος της Ιταλικής επίθεσης στην Ελλάδα το 1940. Την περίοδο εκείνη αρκετά χωριά του Ζαγορίου και η μονή Βουτσά, κάηκαν ως Γερμανικά αντίποινα. H περιοχή σχεδόν ερημώθηκε κατά τον Ελληνικό Εμφύλιο Πόλεμο 1946-1949.
Σήμερα τα Ζαγοροχώρια διατηρούν αναλλοίωτη την πολιτιστική τους κληρονομιά, σε μια προσπάθεια να συνεχιστούν τα ήθη και έθιμα της περιοχής. Η ιδιαίτερη αρχιτεκτονική, η παραδοσιακή μουσική, το φυσικό κάλος, η άγρια ομορφιά των ορεινών όγκων και η πλούσια πανίδα και χλωρίδα της περιοχής αποτελούν τα χαρακτηριστικά αυτά που την κάνουν να ξεχωρίζει. Ο νεοσύστατος καλλικρατικός δήμος Ζαγορίου δημιουργήθηκε με την αυτοδιοκητική μεταρρύθμιση του 2010 με τη συνένωση των ακόλουθων 5 πρώην δήμων, που έγιναν δημοτικές ενότητες (οι συστατικές κοινότητες σε παρένθεση):
- Κεντρικού Ζαγορίου (Άγιος Μηνάς, Άνω πεδινά, Ασπράγγελοι, Βίτσα, Δίκορφο, Δίλοφο, Διπόταμο, Ελάτη, Ελαφότοπος, Καλουτάς, Κάτω Πεδινά, Μανασσής, Μεσοβούνι, Μονοδένδρι).
- Ανατολικού Ζαγορίου (Αγία Παρασκευή, Ανθρακίτης, Γρεβενίτι, Δεμάτι, Δόλιανη, Ελατοχώρι, Ιτέα, Καβαλάρι, Καρυές, Καστανώνας, Μακρινό, Πέτρα, Ποταμιά, Τρίστενο, Φλαμπουράρι).
- Πάπιγκου
- Τύμφης (Βραδέτο, Βρυσοχώρι, Ηλιοχώρι, Καπέσοβο, Κήποι, Κουκούλι, Λαΐστα, Λεπτοκαρυά, Νεγάδες, Σκαμνέλι, Τσεπέλοβο,Φραγκάδες).
- Βωβούσα
