Το 1799 η σουλιώτικη φάρα των Μποτσαραίων μετά από συμφωνία με τον Αλή πασά αποχώρησαν από το Σούλι και εγκαταστάθηκαν στις ορεινές επαρχίες της Άρτας, όπου αναγνωρίστηκαν από τον Αλή ως αρματολοί. Στη συνέχεια πέτυχαν να κυριαρχήσουν στις γειτονικές περιοχές, απομακρύνοντας τους αρματολούς που τις όριζαν. Το 1803, οι υπόλοιπες σουλιώτικες φάρες που είχαν παραμείνει στο Σούλι, υπερασπίζοντάς το, συνθηκολόγησαν με τον Αλή πασά και αποχώρησαν προς τα Επτάνησα. Τότε οργανώθηκε επιχείρηση εκδίωξης των Μποτσαραίων από τις ορεινές περιοχές της Άρτας. Σ’ αυτή την επιχείρηση εκτός από τις δυνάμεις του Αλή πασά συμμετείχαν και τοπικοί ένοπλοι, όπως ο Κ. Πουλής, ο Δ. Καραΐσκος, που πριν διαφέντευε στο αρματολίκι Κάτω Βάλτου, και άλλοι καπετάνιοι από τη Λάκκα Πρέβεζας καθώς και ο Γώγος Μπακόλας. Οι περισσότεροι απ’ αυτούς κατείχαν αρματολίκια τα οποία στη συνέχεια είχε καταλάβει ο Γιώργος Μπότσαρης. Τελικά, το 1804, μετά από τετράμηνη πολιορκία στη Μονή Σέλτσου, οι Μποτσαραίοι εκδιώχθηκαν και κατέφυγαν στα Επτάνησα. Το δημοτικό τραγούδι της «Λένως του Μπότσαρη» καταγράφει αυτή τη δραματική εκδίωξη. Η Λένω, η κόρη του Κίτσου Μπότσαρη, δεκαπέντε μόλις ετών, αποκλεισμένη από τους στρατιώτες του Αλή πασά στο μοναστήρι, πολεμά γενναία εναντίον των Τούρκων μαζί με τους συμπατριώτες της τους Σουλιώτες. Ο αδελφός της σκοτώνεται. Συνεχίζει τον πόλεμο στο πλευρό του θείου της σε άλλο πεδίο τον αγώνα, κοντά στον Αχελώο ποταμό. Περικυκλώνεται όμως από τους εχθρούς και, για να μην πέσει στα χέρια τους, ρίχνεται στο ποτάμι και πνίγεται.
Μετά τη φυγή των σουλιωτών τα αρματολίκια των Τζουμέρκων και του Ραδοβιτσίου επρόκειτο να επιστραφούν στον Κ. Πουλή (Οι Κασταναίοι και ο Κ. Πουλής ήταν πρωτοπαλίκαρα των Κοντογιανναίων, που ήλεγχαν αρχικά τα αρματολίκια και κατάφεραν να τους κάνουν αρματολούς αφού δέθηκαν μαζί τους με δεσμούς αγχιστείας). Οι ανταγωνιστές του Κ. Πουλή, όμως, τον κατηγόρησαν στον Αλή πασά ότι φυγάδευσε τους πολιορκημένους σουλιώτες και έτσι έπεσε στη δυσμένεια του Βοναπάρτη των Ιωαννίνων. Γι’ αυτό και με τη συγκατάθεση του Αλή πασά ο Γώγος Μπακόλας θα γίνει αρματολός στο Ραδοβίτσι το 1804, ενώ τα Τζουμέρκα δόθηκαν στον γέρο-Κουτελίδα. Ο Κ. Πουλής θα επανέλθει το 1821 συμμαχώντας με τον Χουρσίτ, θα συλληφθεί, όμως, και θα καταδικαστεί ως «προδότης» σε ψηφοφορία που οργάνωσε ο Καστανάς.
Στα 1806-1812 ο Κίτσος Μπότσαρης, γιος του Γιώργου, μαζί με άλλους ένοπλους, εκμεταλλευόμενοι την εμπλοκή της Οθωμανικής αυτοκρατορίας με τη Ρωσία, «βγήκαν στα βουνά». Με τη λήξη του πολέμου ο Κίτσος Μπότσαρης «προσκύνησε» τον Αλή πασά και έλαβε τη συγκατάθεση να επιστρέψει με την οικογένειά του στην Ήπειρο. Η επιστροφή του ανησύχησε τους αρματολούς των οποίων τα αρματολίκια κατείχαν πριν οι Μποτσαραίοι. Μάλιστα, ο Δ. Καραΐσκος, αρματολός στον Κάτω Βάλτο, πήγε στα Ιωάννινα, όπου και πληροφορήθηκε από τον Αλή ότι είχε διορίσει τον Κίτσο Μπότσαρη αρματολό στο Ραδοβίτσι. Φαίνεται, μάλιστα, πως ο Αλή άφησε να εννοηθεί ότι η λύση που ο ίδιος πρόκρινε ήταν η εξόντωση του Κίτσου Μπότσαρη από εκείνους που κινδύνευαν να χάσουν τα αρματολίκια τους απ’ αυτόν. Κι αυτό παρόλο ότι ο ίδιος είχε αμνηστεύσει τους Μποτσαραίους, διορίζοντάς τους αρματολούς στις ορεινές επαρχίες της Άρτας, προκαλώντας έτσι ένταση μεταξύ των τοπικών αρματολών. Επιστρέφοντας ο Καραΐσκος ενημέρωσε τον Γώγο Μπακόλα για τον διορισμό του Κ. Μπότσαρη στο Ραδοβίτσι και τον προέτρεψε σύμφωνα με τη συμβουλή του Αλή να τον σκοτώσει. Όπως και τελικά έγινε. Ο Κίτσος Μπότσαρης δολοφονήθηκε στο κέντρο της Άρτας. Κι αυτό πριν καν οι Μποτσαραίοι οδεύσουν για να διεκδικήσουν το Ραδοβίτσι.
Με το φόνο αυτό θα επιβεβαιωθεί η κυριαρχία του Γώγου Μπακόλα στο Ραδοβίτσι. Οι Μποτσαραίοι ούτε καν επεδίωξαν να εκδικηθούν το θάνατο τους αρχηγού τους, αποχωρώντας για μία ακόμα φορά προς τα Επτάνησα, ενώ θα επιστρέψουν ξανά στην Ήπειρο στις αρχές της επανάστασης του 1821. Τότε με παρέμβαση του Αλ. Μαυροκορδάτου επιχειρείται η συμφιλίωση των δύο οικογενειών με το γάμο του Ντούλα Μπακόλα με την Βασιλική, κόρη του Μάρκου Μπότσαρη και εγγονή του Κίτσου. Αλλά ο γάμος αυτός δεν θα γίνει ποτέ, και η ματαίωση αυτή θα πρέπει να συνδέεται με την αποχώρηση του Γώγου από το ελληνικό στρατόπεδο και τις συμφωνίες («καπάκια») που συνήψε με τους οθωμανούς το 1822, δηλαδή αμέσως μετά τη μάχη του Πέτα (δες Κ. Παπαγιώργη «Τα καπάκια»). Αλλά τι είναι τα «καπάκια»; Είναι «στρατήγημα επιτήδειον… μια προσποιητική διαπραγμάτευση προσκύνησης, η οποία εκτεινόμενη εις μήκος θέλει δώσει καιρόν να οικονομηθώσι προς το συμφέρον τα πράγματα». Κάποιος αρματολός δηλαδή δηλώνει «υποταγή» στους οθωμανούς προκειμένου να κερδίσει χρόνο μέχρι να αλλάξει υπέρ του ο συσχετισμός δύναμης.
Τα «καπάκια» ως στρατήγημα συνηθίζονταν αλλά ο Αλ. Μαυροκορδάτος με επιστολή του κατηγορεί τον Γώγο Μπακόλα («θα πάρεις τον κόσμο στο λαιμό σου» γράφει) γιατί η συμφωνία με τους οθωμανούς μετά την καταστροφή στο Πέτα θα λογιστεί ως «ψευδοκάπακο»(«εντροπήν όπου εις τα φόγια[ψεύτικα] έκαμες διατί επροσκύνησες με τους Τούρκους» γράφει ο Μαυροκορδάτος). Για να αποφύγει το «κακό», την τιμωρία ο Γώγος οφείλει να αποτρέψει άλλα προσκυνήματα, δηλαδή καπάκια, και να κινητοποιήσει τα αρματολικά δίκτυα ώστε να είναι έτοιμα για «να πάρουν τ’ άρματα», όταν έρθει η ώρα.
Η σύγκρουση μεταξύ των δύο οικογενειών Μπότσαρη και Μπακόλα θα συνεχιστεί αλλά το κοινωνικοπολιτικό πλαίσιο διαφοροποιείται πλέον, καθώς βρισκόμαστε εν τω μέσω της επανάστασης και το κοινωνικο-πολιτικό και το πολιτιστικό πλαίσιο διαφοροποιείται. Η Οθωμανική κατάκτηση παύει να ανάγεται στη «θεϊκή βούληση» και να θεμελιώνει στο Θεό τη νομιμοποίησή της. Ο Θεός και η θέλησή του, άλλως πως η Θεία Πρόνοια, ήταν μέχρι πριν λίγο η κοινή πολιτιστική βάση στην οποία συναντώνται κατακτητές και κατακτημένοι (εδώ εδράζεται η ιδεολογική συναίνεση των εξουσιαζόμενων, που σκέφτονται σαν τους εξουσιαστές τους, όπως έλεγε και ο Τολστόι). Γι’ αυτό η επανάσταση (από τους Χαΐνιδες-επαναστάτες) δεν λογίζονταν μόνο ως ανυπακοή προς τον Σουλτάνο αλλά και ως «απιστία» προς τη θεϊκή βούληση και το σχέδιο της Θείας Πρόνοιας. Και η ποινή της απιστίας ήταν το «θέλει ρημωθούν τα χωριά σας». Αλλά και ο Μαυροκορδάτος την ίδια απειλή απευθύνει στον Μπακόλα, όπως είδαμε.
Από τα τέλη της δεκαετίας του 1830 και ως τις παραμονές της επανάστασης του Ραδοβυζίου το 1854 ο αρματολικός ανταγωνισμός στις ορεινές επαρχίες της Άρτας θα συνεχίσει να αναπτύσσεται μεταξύ των αρματολικών δικτύων στη βάση κυρίως της συγγένειας των Μπακολαίων, των Κουτελιδαίων, των Ψαρογιανναίων, των Σκαλτσογιανναίων και των Κοτσιλαίων.
